Akka Kuşatması ve Abukir Muharebesi

Bu noktada savaş bir açmaza dönüşmüştü. Fransa Cumhuriyeti Mısır'ı ele geçirmişti, fakat donanmanın yok olması nedeniyle Mısır ve Fransa arasındaki bağlantısını kurulamıyordu. Bu yüzden Bonapart komutasındaki ordu savaşın devam etmsi için gereken lojistik ve askeri desteği de alamıyordu. Britanya donanması da denizlere hakim olmasına rağmen donanmalarının Mısır önünde konuşlanmış olmasından dolayı Fransız ordusunu Mısırdan çıkartacak kara ordusunu Britanya'dan getiremiyolardı. Bu açmazın farkında olan Bonapart Mısar'a kara yönünden gelebilecek tehditleri engellemek için Suriye'ye doğru harekete geçti. Ordularını Filistin yönünde yürüyüşe kaldırarak Osmanlı Devleti üzerine yürümeye başladı. Osmanlı eyalet ordusu 18 Mart 1799 tarihinde küçük bir liman kenti olan Akka önlerine toplanmıştı. Akka kalesinde konuşlanan Cezzar Ahmet Paşa komutasındaki Osmanlı kuvvetleri 1200 kadar yeniçeri, 2.500 bin süvari ve 20 bin düzensiz Arap savaşçısını içeriyordu. 25.000 kişilik Osmanlı ordusu 12.000 kişilik Fransız ordusu karşısında üste üste mağlubiyet aldı. Fakat bir hafta sonra III.Selim'in modern tarzda eğitilmiş ve Britanya tarafından silahlandırılmış yeni Nizam-ı Cedit ordusu 8 bin 500 kişi mevcudiyeti ile Akka önlerine geldi. Bundan sonra gece gündüz sürdürülen topçu ateşi ve art arda girişilen taarruzlar Akka savunmasında bir gedik açamadı. Bonapart, 21 Mayıs tarihinde kuşatmayı kaldırıp Kahire’ye çekildi. Mısır'daki ılımlı işgal tutumu, Fransız ordularının Filistin yönünde ilerlemeleriyle bozulmuştur. Akka’dan çekilirken savaş esirlerinin öldürülmesi, yerli halk üzerindeki mali yükümlülüklerin arttırılması, bir süre sonra isyanlara yol açacaktır.

Bonapart, Akka yenilgisini takiben Kahire'ye döndükten kısa bir süre sonra 1 Ağustos 1799 tarihinde Abukir Muharebesi'nde Osmanlı ordusunu yenilgiye uğrattı. Bu olaydan kısa bir süre sonra Fransa'daki siyasi bunalımı haber aldı ve 3 bin Fransız askerini Mısır’da bırakarak Fransa'ya döndü. 23 Ağustos 1799'da Fransa'ya ulaştı ve 9 Kasım tarihinde bir hükümet darbesiyle "Konsül" ünvanı alarak başa geçti.